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Die ältesten Sammlungsbestände gehen auf das Ende des 16. Jahrhundert zurück. Sie stammen aus der württembergischen herzoglichen Kunstkammer, aus der das Naturkundemuseum hervorgegangen ist. Die Sammlung hat einen regionalen Schwerpunkt mit Fossilien aus dem Mesozoikum, dem Tertiär und dem Quartär Süddeutschlands. Herausragende Funde sind die Saurierreste des württembergischen Muschelkalks und Keupers, die ältesten Schildkröten der Erde, die Saurier und Wirbellosen (z.B. Selilien) des Posidonienschiefers, die Fossilien aus dem Ober-Jura von Nusplingen, die miozänen Faunen- und Florenkomplexe der Ulmer Region (Steinheim a.A., Langenau, Ulm), die eiszeitalterlichen Großsäugerreste vom Oberhein und der Schädel des Steinheimer Urmenschen. Besonders umfangreich ist auch die Sammlung von horizontiert aufgesammelten Wirbellosen (besonders Ammoniten und Korallen) der Jurazeit, unter denen solche mit Weichteilerhaltung aus dem Posidonienschiefer herausragen. Ebenfalls zu den grössten und bedeutendsten naturwissenschaftlichen Sammlungen ihrer Art gehört diejenige des Bernsteins mit einem Schwerpunkt beim Dominikanischen Bernstein. Überregionale Bedeutung hat auch die zu Beginn des 20. Jahrhunderts an das Museum gelangte Sammlung von Wirbeltierresten aus dem Alttertiär des Fayums (Ägypten).

Wirbellose aus Erdaltertum und Trias

Wirbellose aus dem Jura und der Kreide

Wirbellose aus dem Tertiär und Quartär

Mikrofossilien

Fossile Pflanzen

Fische (aus allen Erdzeitaltern); Amphibien, Reptilien, Vögel (Erdneuzeit)

Amphibien, Reptilien, Vögel (Erdaltertum, Erdmittelalter)

Säugetiere (Tertiär)

Säugetiere (Quartär)

Bernstein

Gesteine - Sedimentgesteine

Magmatische Gesteine

Mineralien

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