Die naturkundlichen Sammlungen des Museums zeigen Fossilfunde der Schwäbischen Alb. Riesen- Ammoniten, Schwämme und die einzigartigen Fossilien des Nusplinger Plattenkalks, die den Hauptteil der Sammlung bilden, sind besonders gut erhalten und lassen die Tierwelt des Jurameeres vor 140 Millionen Jahren bei der betrachtenden Person wieder lebendig werden. Ergänzt wird die geologisch- paläontologische Sammlung durch Exponate der heimischen Tierwelt von heute, sowie durch Zeugnisse der Vor- und Frühgeschichte der Ebinger Alb.