Ansprechpartner (kommissarisch): Dr. Stefan Merker
Die Fischsammlung umfasst etwa 25.000 Gefäße mit Fischen (ca. 150.000 Exemplare) mit Arten aus aller Welt. Die wichtigsten Sammlungsschwerpunkte liegen bei europäischen Süßwasserfischen, Meeresfischen aus dem Mittelmeer, aus dem Indo-Pazifik und Süßwasserfischen aus Mittel- und Südamerika. Die Sammlung enthält 492 Typusexemplare von Fischen, die vor allem von P. Bleeker, C.B. Klunzinger und R. Fricke beschrieben wurden.
Die ichthyologische Sammlung enthält etwa 5.000 historische Gläser. Die ersten Fischexemplare wurden 1805 gesammelt. Die wichtigsten historischen Sammlungen stammen von den folgenden Sammlern:
P. Bleeker (1819-1878). Bleeker schenkte dem Museum zahlreiche Fische aus Niederländisch-Indien (heute Indonesien). Das Museum erhielt in den Jahren 1860 und 1861 zwei Materialsendungen von Bleeker. Die Sammlung enthält viele Typusexemplare von Arten, die von Bleeker beschrieben wurden.
C. B. Klunzinger (1834-1914). Klunzinger verbrachte zwölf Jahre seines Lebens in Kosseir (Al-Qusayr, Ägypten, Rotes Meer), wo er die Meeresfauna erforschte und Fische für das Naturkundemuseum Stuttgart sammelte. Unsere Sammlung enthält viele Typen von Rotmeerfischen, die von Klunzinger beschrieben wurden. Klunzinger arbeitete fünf Jahre lang an unserem Museum als Sammlungsassistent.
F. von Mueller (1825-1896): Mueller (ab 1867 von Mueller) war der Direktor des Botanischen Gartens in Melbourne, Victoria, Australien. Er unternahm zahlreiche Forschungsexpeditionen in Australien und Neuseeland und schenkte unserem Museum viele Fische aus Victoria, Südaustralien, Westaustralien, Northern Territory, Queensland, New South Wales und Neuseeland. Das Muellersche Fischmaterial wurde von C. B. Klunzinger bearbeitet, identifiziert und wissenschaftlich beschrieben. Auch hier sind zahlreiche Typusexemplare enthalten.